2016年11月18日，国务院办公厅印发《关于支持返乡下乡人员创业创新促进农村一二三产业融合发展的意见》（国办发〔2016〕84号）提出：在符合农村宅基地管理规定和相关规划的前提下，允许返乡下乡人员和当地农民合作改建自住房。
这个文件是合作建房的政策源头，也是合作建房的本源本义。当时的背景是鼓励大众创业、万众创新，所以提出从农村出来的农民工、中高等院校毕业生、退役士兵和科技人员等，不必非挤在城市谋生存、求发展，可以返回家乡去干事赚钱。
返乡创业需要地，需要房，怎么解决呢？一般从农村出来的人老家都有住房，所以住不是太大问题，主要是如何解决项目用地用房问题。大部分农村都有一些闲置宅基地和住房，这就是一种资源，所以84号文提出，支持返乡下乡人员依托自有和闲置农房院落发展农家乐，允许返乡下乡人员和当地农民合作改建自住房。也就是说，84号文的本意就是通过合作建房方式，盘活利用闲置宅基地和住房，可以搞农家乐，也可以搞一些其他经营性项目。
2019年9月30日，农业农村部印发关于积极稳妥开展农村闲置宅基地和闲置住宅盘活利用工作的通知》，提出鼓励利用闲置住宅发展符合乡村特点的休闲农业、乡村旅游、餐饮民宿、文化体验、创意办公、电子商务等新产业新业态，以及农产品冷链、初加工、仓储等一二三产业融合发展项目。这个文件进一步明确了合作建房的用途，主要定位是经营性活动。
2025年2月，云南省农业农村厅、省自然资源厅、省文化和旅游厅印发的《云南省农村宅基地使用管理负面清单》明确：城乡居民合作建房必须依法申请、依规建设，不得改变宅基地住宅用地性质，不得搞房地产开发。
但这个”合作建房“政策在执行中就有点扩大化，甚至跑偏走样了。
一是城里人到农村，通过”合作建房“满足休闲度假需要。讲规矩的，跟农户签订一个协议，你出地，我出钱，把旧房拆了重建，使用二十年后房地都归原农户所有。不讲规矩的，双方直接把宅基地买卖了，成为城里人在农村的一处固定资产，当然也办不了证，原农户反悔打官司的案例不少，谁买的谁吃亏，因为不受法律保护。
最让高层不能容忍的是，有的城里有钱人或本村暴发户在农村圈大院，买地建别墅和私人庄园，当起了旧社会的财主，结果就是被拆，闹也白闹，制造舆情也没用，除了律师借机鼓动诉讼再赚你点官司钱，普通老百姓不会同情，这就是钱多嘚瑟，无所顾忌，不知天高地厚！
二是工商资本介入。讲规矩的，老板、村委会和农户三家共同签订协议，统一规划、统一改建、统一经营、统一管理，将原有闲置农房或改建，或拆了重建，打造有一定特色的农家小院，发展民宿。不讲规矩的，打着民宿旗号，建个小院，有的甚至建成别墅，其实就是小产权房，直接卖了，当然有的也打个“掩护”，将合同期限直接签50年，对外解释20年后的直接续期了。搞变相房地产开发，相对于民宿，毕竟还是回款快、收益高，老板们一般喜欢这种赚快钱方式。
中央对农村土地制度改革划了三条底线，就是公有制性质不能改变、耕地红线不能突破、农民权益不能受损。
针对农村宅基地，也有四条红线：一是严禁城镇居民到农村购买宅基地和住宅；二是严禁退休干部到农村占地建房；三是严禁利用农村宅基地建设别墅大院、私人会馆和豪华庄园；四是严禁违法违规买卖宅基地和违规搞合作建房。
在合作建房中，触碰了底线红线，违反了相关现行法律政策规定，就是违规行为。
在推动和发展合作建房中，有几个法律问题需要明确。
一是如何合作。合作建房的法理依据是”合伙“。《民法典》第九百六十七条规定：合伙合同是两个以上合伙人为了共同的事业目的，订立的共享利益、共担风险的协议。第九百六十九条规定：合伙人的出资、因合伙事务依法取得的收益和其他财产，属于合伙财产。合伙合同终止前，合伙人不得请求分割合伙财产”。
根据《民法典》有关合伙合同的条款可以看出，“合伙”关系的特点可概括为：双方拿各自的优势资源；为了共同的事业，共享利益，共担风险；约定分利比例或均分；法律不设合伙期限上限，但可以约定。
需要关注的是：2022年11月28日，农业农村部起草公布的《农村宅基地管理暂行办法》（征求意见稿）中提出：宅基地及其房屋出租的，出租人和承租人应依照相关法律法规订立租赁合同。但新的征求意见稿删除了这条规定，修改为住宅可以出租，但宅基地不得单独出租。而合作建房的主要方式，一是城里人出钱建房、农户出地，二是企业出钱建房、农户出地，城里人租赁。无论那种方式，在拆除原有旧房重建后，农户都是在出租宅基地。
二是期限问题。合作建房中涉及的宅基地和原有住房，本质是租赁。《民法典》第七百零五条规定：租赁期限不得超过二十年。超过二十年的，超过部分无效。租赁期限届满，当事人可以续订租赁合同；但是，约定的租赁期限自续订之日起不得超过二十年。
早在2019年9月，中央农村工作领导小组办公室 农业农村部印发的《关于进一步加强农村宅基地管理的通知》就提出：城镇居民、工商资本等租赁农房居住或开展经营的，要严格遵守合同法的规定，租赁合同的期限不得超过二十年。合同到期后，双方可以另行约定。《云南省农村宅基地使用管理负面清单》明确：合作建房人以租赁方式取得相应农户住房的使用权，期限不得超过二十年。
三是产权问题。目前合作建房面临的最大难题就是产权问题，也就是无法为合作建房人办理产权登记，权益无法保障。
但有的地方有所突破。比如，2019年11月，湖南省张家界市政府曾出台的《张家界市城乡居民合作建房管理办法（试行）》，利用宅基地制度改革提出的探索”三权分置“（所有权、资格权、使用权)，作出地方规定：利用宅基地合作建房的，宅基地所有权登记为村集体经济组织，宅基地资格权登记为农户，宅基地使用权和房屋所有权则根据合作建房协议约定予以登记。但争议很大。
江西省龙南市搞了乡贤乡居”实施办法，成立了“乡贤乡居”资格审定委员会，对认定为龙南乡贤的，可按标准对城市规划区外现有土坯房或闲置房屋提出自居“拆、改、修”申请，根据其与农户签订的租赁(或合作)协议，经验收合格并司法公证后颁发不动产证。
2021年，河北省滦平县探索由农村产权交易中心为来自北京的合作建房人办理《合作建房房屋使用权（租赁）鉴证书》，但自然资源部门并不认可。
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